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Voici une sélection de bases de données en génomique utiles pour l'étude de la bio-informatique. Ces bases proviennent du Centre national pour l'information biotechnologique (NCBI), organisme de la US National Library of Medicine (NLM). Le site Web du NCBI propose une quarantaine de bases de données.

  • Blast

    Programme informatique permettant la comparaison de séquences de nucléotides et de protéines dans les bases de données.

  • GenBank

    Collection la plus complète de données de séquences de nucléotides et de leur traduction en protéines. Contient les bases DNA, mRNA, cDNA, ESTs.

  • Genome

    Base présentant les séquences complètes de génomes de plus de 1000 organismes.

  • Nucleotide Database

    Base regroupant des séquences nucléotidiques qui contiennent notamment les bases de données GenBank, RefSeq et PDB.

  • Protein Database

    Base donnant accès à des séquences de protéines. 

  • Reference Sequence (RefSeq)

    Base contenant des séquences de références dédiées aux génomes complets procaryotes et eucaryotes.

  • Structure (Molecular Modeling Database)

    Base regroupant les structures macromoléculaires en 3D. 

  • Taxonomy

    Classification complète de plus de 160 000 organismes ayant au moins une séquence dans la banque GenBank. 

Voici une sélection de bases de données provenant de l'Institut européen de bio-informatique (IEB), organisme rattaché au Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL). Le site Web de l'IEB regroupe des bases de données d'acides nucléiques, de séquences protéiques et de structures macromoléculaires.

  • Ensembl

    Annotations de génomes permettant d'explorer et de visualiser à différents niveaux les génomes de nombreux organismes.

  • UniProt

    Bases de données exhaustives regroupant des informations sur la fonction des protéines, la structure de tous les organismes vivants et des virus. Elle combine les données de Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR).    

Autres bases de données

  • The Arabidopsis Information Resource

    Ensemble des informations génomiques et bibliographiques de l'organisme modèle Arabidopsis thaliana (Arabette des dames).

  • FlyBase

    Base de données dédiée à l'organisme modèle Drosophila melanogaster (mouche du vinaigre) ainsi qu'au génome d'une douzaine d'autres espèces de diptères.

  • Protein Data Bank

    Base qui archive et diffuse l'ensemble des données disponibles à l'échelle mondiale sur les structures cristallographiques des protéines.

  • Saccharomyces Genome Database

    Ensemble des informations génomiques et bibliographiques de l'organisme modèle Saccharomyces cerevisiae (levure de bière). 

  • WormBase

    Base de données dédiée à l'organisme modèle Caenorhabditis elegans ainsi qu'au génome d'autres nématodes.

  • Zebrafish Information Network

    Base de données consacrée à l'organisme modèle Danio rerio (poisson zèbre).